โรงเรียน “บ้านเจดีย์แม่ครัว” ในอดีตตั้งอยู่บ้านเจดีย์เจริญ หมู่ที่ 3 ตำบลแม่แฝกใหม่ อำเภอสันทราย จังหวัดเชียงใหม่ เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 1 เดือน กรกฎาคม พ.ศ. 2483 โดยอาศัยศาลา วัดเจดีย์แม่ครัว ซึ่งตั้งอยู่ฝั่งขวาของคลองส่งน้ำชลประทานแม่แฝก หมู่ที่ 6 ตำบลแม่แฝกใหม่ ต่อมาได้ย้าย ที่ตั้งโรงเรียน มาตั้งฝั่งซ้ายคลองชลประทานติดกับวัดเจดีย์แม่ครัว ปัจจุบันตั้งอยู่เลขที่ 69 หมู่ที่ 14 ตำบลแม่แฝกใหม่ อำเภอสันทราย จังหวัดเชียงใหม่
พ.ศ.2512 ได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งในที่ดินของสหกรณ์ที่ดินอำเภอสันทราย เนื้อที่ 12 ไร่ 3 งาน 4 ตารางวา ตั้งอยู่บนถนนสาย เชียงใหม่ – พร้าว ติดกับสถานีตำรวจ ภูธรตำบลแม่แฝก ซึ่งเป็นสถานที่ตั้งของโรงเรียนบ้านเจดีย์แม่ครัวในปัจจุบัน
พ.ศ. ๒๕๑๒ เปิดทำการสอนระดับประถมศึกษาตอนปลาย (ป.๗) และได้สร้างอาคารเรียน แบบ ป.๑ จำนวน ๑ หลัง ๓ ห้องเรียน จากการบริจาคของประชาชน จำนวนเงิน ๗๒,๒๖๒ บาท (เจ็ดหมื่นสองพันสองร้อยหกสิบสองบาทถ้วน) ปัจจุบันเหลือ ๒ ห้อง ซึ่งใช้เป็นห้องประชุมและห้องรองผู้อำนวยการโรงเรียนรวมถึงห้องธุรการโรงเรียน
พ.ศ. ๒๕๑๔ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ๐๑๗ ขนาด ๔ ห้องเรียน จำนวนเงิน ๑๖๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งแสนหกหมื่นบาทถ้วน) และราษฎรบริจาคสมทบอีก จำนวนเงิน ๑๕,๐๐๐ บาท (หนึ่งหมื่นห้าพันบาทถ้วน)
พ.ศ. ๒๕๑๙ ได้รับงบประมาณจากการบริจาคของประชาชน จำนวนเงิน ๕๐,๐๐๐ บาท (ห้าหมื่นบาทถ้วน) สร้างอาคารอเนกประสงค์ ขนาด ๘ ม. × ๑๒ ม.
พ.ศ. ๒๕๑๗ ได้รับงบประมาณจากต้นสังกัด จำนวนเงิน ๕๐,๐๐๐ บาท (ห้าหมื่นบาทถ้วน) สร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ ก จำนวน ๑ หลัง ๘ ห้องเรียน
พ.ศ. ๒๕๑๙ ได้รับงบประมาณจากการบริจาคของประชาชน จำนวนเงิน ๖๐,๐๐๐ บาท (หกหมื่นบาทถ้วน) สร้างอาคารอเนกประสงค์ ขนาด ๑๑ ม. × ๑๘ ม.
พ.ศ. ๒๕๒๐ สมัยครูใหญ่ชาญ หางหงส์ ได้รับงบประมาณจากทางราชการสร้างอาคารเรียน แบบ ๐๑๗ ห้องเรียนอีก ๑ หลัง จำนวนเงิน ๓๗๕,๐๐๐ บาท (สามแสนเจ็ดหมื่นห้าพันบาทถ้วน)
พ.ศ. ๒๕๒๓ ยุบเลิกโรงเรียนบ้านขัวมุงหมู่ที่ ๔ ตำบลแม่แฝกใหม่มารวมกับโรงเรียนบ้านเจดีย์แม่ครัว
พ.ศ. ๒๕๒๙ เปิดทำการสอนระดับอนุบาลตามโครงการอนุบาลชุมชน
พ.ศ. ๒๕๓๕ เปิดขยายชั้นเรียนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น ตามโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา
พ.ศ. ๒๕๓๙ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙ (อาคารเจดีย์ภิวัฒน์) ขนาด ๘ ห้องเรียน จำนวนเงิน ๑๙๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งแสนเก้าหมื่นบาทถ้วน)
พ.ศ. ๒๕๔๐ ได้รับอนุเคราะห์จากสโมสรโรตารี่แห่งเมืองชิบาประเทศญี่ปุ่นสร้างอาคารห้องสมุด ๑ หลัง (อาคารชิบา)
พ.ศ. ๒๕๔๕ องค์การบริหารส่วนตำบลเจดีย์แม่ครัวและประชาชน ผู้ปกครองนักเรียนร่วมกันปรับปรุงซ่อมแซมโรงอาหาร ๑ หลัง
พ.ศ. ๒๕๕๕ องค์การบริหารส่วนจังหวัดเชียงใหม่ จัดสร้างห้องสมุดโรงเรียน จำนวนเงิน ๑,๕๐๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งล้านห้าแสนบาทถ้วน) และผู้ปกครองปรับปรุงซ่อมแซมโรงอาหาร ๑ หลัง
พ.ศ. ๒๕๕๖ ได้รับงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) มาเปลี่ยนระบบไฟฟ้าจาก ๓๐ แอมป์ มาเป็น ๑๐๐ แอมป์ จำนวนเงิน ๑,๖๐๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งล้านหกแสนบาทถ้วน)
พ.ศ. ๒๕๕๗ ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ๑๐๕/๒๙ จำนวน ๑ หลัง ขนาด ๔ ห้องเรียน
พ.ศ. ๒๕๕๗ ได้จัดสร้างรั้วทิศใต้จากงบประมาณการซ่อมแซมทำให้โรงเรียนมีรั้วรอบทั้ง ๔ ด้าน
พ.ศ. ๒๕๕๘ ได้สร้างถนนภายในโรงเรียนทิศตะวันออก จากงบบริจาคจากประชาชนในพื้นที่ จำนวนเงิน ๑๕๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งแสนห้าหมื่นบาทถ้วน)
พ.ศ. 2560 ได้รับงบประมาณจากสำนักงานสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเชียงใหม่ เขต 2 ก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช.205/26 จำนวน ๑ หลัง จำนวนเงิน 2,119,056.42 บาท (สองล้านหนึ่งแสนหนึ่งหมื่นเก้าพันห้าสิบหกบาทสี่สิบสองสตางค์)
พ.ศ.2561 ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม สพฐ. 4 ที่นั่ง จำนวน ๑ หลัง จำนวนเงิน 393,000 บาท (สามแสนเก้าหมื่นสามพันบาทถ้วน)
พ.ศ. 2563 สำนักงานคณะกรรมการกิจการกระจายเสียง กิจการโทรทัศน์และกิจการโทรคมนาคมแห่งชาติ (กสทช.) ได้อนุมัติงบประมาณในการก่อสร้างอาคารศูนย์อินเทอร์เน็ตชุมชน (USO NET) จำนวนเงินประมาณ 350,000 บาท (สามล้านห้าแสนบาทถ้วน)